Animation.cancel()が呼ばれたとき
Animation.cancel()が呼ばれるとAnimationListenerに通知が飛び、onAnimationEnd()が呼ばれます。
View.clearAnimation()が呼ばれたとき
リファレンスにはclearAnimationを呼ぶとAnimationがキャンセルされるという事だけ書いてありますが、おそらくそのキャンセルの中で上記のAnimation.cancelが呼ばれているのか、ここでもonAnimationEndが呼ばれるようです。
上記のタイミングでonAnimationEndが呼ばれたくないのであれば、事前にAnimationListenerを解除しておく必要がありそうです。